Ketika ditanya mengenai kalimat Prabowo Subianto yang menyatakan Anies Baswedan tidak pantas bicara mengenai persoalan etik, Fathoni mengatakan itu ungkapan dari seorang senior kepada orang yang lebih muda, mengingat ketika Anies Baswedan diberhentikan sebagai Menteri Pendidikan dari kabinet Joko Widodo, Prabowo Subianto yang mendorong Anies mengabdi di DKI sebagai Gubernur.
“Kita ini hidup dibelahan timur, dimana tata krama harus dijunjung tinggi, bayangkan orang yang sudah memperjuangkan anda terpilih menjadi Gubernur lalu dalam kesempatan yang berbeda menyerang anda secara personal dimuka umum tentu akan menimbulkan rasa kecewa, makanya agama mengajarkan diatas ilmu itu ada adab,” pungkasnya